Afin d'améliorer son fonctionnement, la FFESSM a créé des organismes déconcentrés qui représentent les instances nationales sur leur territoire et relayent la politique fédérale.
Il s'agit des Comités régionaux et des Comités départementaux.
Ces derniers ont pour missions principales :
- organisation des compétitions départementales pour les disciplines concernées (nage avec palmes, hockey, tir sur cible, pêche sous-marine ...)
- représentation auprès des Direction Départementale de la Cohésion Sociale et de la Protection des Populations (DDCSPP - ex DDJS)
- représentation auprès des Comités Départementaux Olympiques et Sportifs (CDOS)
- représentation auprès des offices départementaux des sports des Conseils généraux
- mutualisation des moyens et mise en place de formations ou de manifestations inter-clubs
- relais de la politique fédérale nationale et régionale
- relais des demandes et souhaits des clubs, des SCA et, plus généralement, des licenciés
- donner un avis motivé lorsque des clubs demandent des subventions fédérales
- donner un avis motivé lorsque des clubs font une demande FNDS (Fond National de Développement du Sport)
Assemblée Générale : tous les ans avant l'Assemblée Générale régionale.
Votants : tous les présidents(es) ou représentants(es) de clubs et SCA du ressort géographique du comité.
Elections : tous les 4 ans (olympiade)
Ressources principales : cotisations des clubs, part sur les licences, subventions Jeunesse et Sports (CNDS ...), subventions du Conseil général...